Аудит специального назначения проводится в обязательном порядке ежегодно с отражением в аудиторском заключении движения бюджетных средств от администратора бюджетной программы до конечного получателя бюджетных средств при использовании субъектами квазигосударственного сектора бюджетных средств в виде:
1) бюджетных кредитов;
2) займов (государственных и гарантированных государством займов, а также займов, привлекаемых под поручительство государства);
3) бюджетных инвестиций (формирование и (или) увеличение уставных капиталов юридических лиц, создание и (или) развитие активов государства путем реализации бюджетных инвестиционных проектов);
4) государственных концессионных обязательств;
5) связанных грантов;
6) государственного задания и государственного заказа за исключением казенных предприятий, осуществляющих свою деятельность в области дошкольного воспитания и обучения, здравоохранения, а также организаций, оказывающих гарантированный объем бесплатной медицинской помощи и организаций, реализующих оборонный заказ.
Аудит специального назначения проводится на основе договора о проведении аудита специального назначения, заключенного между аудируемым субъектом (заказчиком) и аудиторской организацией, который соответствует требованиям, установленным законодательством Республики Казахстан об аудиторской деятельности, государственном аудите и финансовом контроле.